Dahulu Desa Karangrejo merupakan penggabungan dari 2 Desa yaitu Desa Karanggayam dan Desa Trobakal sejak tahun 1908, berdasarkan hasil musyawarah dieberi nama DESA KARANGREJO yang terdiri dari 6 Dusun, yaitu Dusun BRUNGKAH, Dusun KRAJAN sekaligus dusun yang menjadi pusat pemerintahan pada saat itu, Dusun PRINGAPUS,Dusun RINGIN PUTIH Dusun TROBAKAL dan Dusun WONOSARI.adapun pusat pemerintahan pada saat ini terletak didusun Trobakal.
Sejak tahun 1887 sampai dengan 1907 di pimpin oleh mbah SINGO, pada tahun 1908 sampai dengan 1927 dijabat oleh Bp. POIJOYO, tahun 1928 –sampai 1947 Kepala Desa dijabat oleh Bpk. CITRO PAWIRO/GUNUNG . Tahun 1948 sampai dengan 1979 di jabat oleh Bpk. ROJIKAN Tahun 1980 sampai 1989 dijabat oleh bapak RUSDI Tahun 1990 sampai dengan 1998 dijabat oleh Bpk MULYONO, Tahun 1999 sampai 2006 dijabat oleh Bpk.TURMUDHIE ,Tahun 2007 sampai 2019 dijabat oleh Bpk SUKOIRI dan tahun 2019 hingga sekarang dijabat oleh Bapak Sardi.